Signo de sangre Hacia finales del verano de 1220 Fernando pidió y obtuvo poder dejar los Canónigos regulares de San Agustín para poder abrazar el ideal franciscano. No es seguro que conociera personalmente a los primeros franciscanos que llegaron a tierras lusas. Pero es seguro que oyó hablar de ellos, y quedo en seguida fascinado. Sobre todo cuando llegaron los restos mortales de sus mártires, recogidos por los cristianos en dos cofres de plata y llevados por el Infante Pedro y su séquito hasta Ceuta, y de allí transportados a Algeciras, después a Sevilla y finalmente trasladados a Coimbra, donde fueron colocados en la iglesia de los agustinos de Santa Cruz (en la que todavía hoy se encuentran custodiados y son venerados). Se explicaban también los milagros que hicieron, fue creciendo la devoción, y se escribieron las proezas de los mártires. Todo contribuyó a poner al movimiento franciscano en el centro de atención de todos los fieles portugueses. La solicitud por parte de Fernando de entrar a formar parte de los seguidores de Francisco de Asís madura a causa de una fuerte vocación por la misión y, especialmente, por el martirio de sangre.
Antonio misionero
		En septiembre de 1220, Fernando dejó los blancos hábitos de los agustinos para vestirse con la tosca túnica de buriel atada con una cuerda en la cadera. Para la ocasión, abandona también el viejo nombre de bautismo para asumir el de Antonio, el ermitaño egipcio del Eremitorio de São Antonio dos Olivãis, donde vivían los franciscanos. Después de un breve periodo de estudio de la regla franciscana, Antonio se fue a Marruecos.
El itinerario que siguió, por tierra y por mar, no lo sabemos. Muy probablemente, según las costumbres franciscanas, a Antonio lo acompañó un hermano franciscano, del que no sabemos el nombre. Al llegar al territorio de Miramolino, en Marrakesh o en otra localidad, fue acogido en casa de algún cristiano, residente allí por motivos comerciales o alguna otra cosa. Para dirigirse a los musulmanes, el Santo tenía que conocer bastante bien el idioma árabe, cosa no muy difícil para un lisboeta de la época, proveniente de una zona bilingüe. De no ser así, tenía que poder fiarse de su compañero: si no ambos, al menos uno tenía que ser experto en aquel idioma. De no ser así, tenía que poder fiarse de su compañero: si no ambos, al menos uno tenía que ser experto en aquel idioma. Antonio no pudo seguir con su proyecto de predicación porque contrajo una enfermedad tropical. Para conseguir recuperar, aunque fuera en parte la salud, decidió volver a su patria, pero sin abandonar su ideal de martirio. Fue por lo tanto obligado a irse de Marruecos, volviendo a hacerse a la mar. Pero, a causa de una inesperada ráfaga de vientos contrarios, la nave fue transportada hasta la lejana Sicilia (Italia). Antonio, que la tradición nos dice que desembarcó en Milazzo (Mesina), era un desconocido fraile extranjero, joven y sin cargos de gobierno, que había sufrido físicamente. Su convalecencia en Sicilia duró casi dos meses. Informado por sus hermanos sicilianos, Antonio dejó Sicilia, subió por la península italiana para participar en el capítulo general -llamado de las Esteras- que se celebraba en Asís del 30 de mayo al 8 de junio de 1221. Antonio desde Lisboa, desconocido por todos porque había entrado hacía sólo unos meses en la Orden, pasó los nueve días de la reunión apartado y solitario, inmerso en la observación y en la reflexión. Era uno entre tantos, no tenía nada que lo hiciera distinto a los demás. Al momento de la despedida ninguno de los 'ministros' se lo llevó consigo. Cuando se habían ido casi todos los conventuales, Antonio fue notado por el padre Graciano, ministro provincial de la región de Romaña. Cuando supo que el joven fraile era también sacerdote, le pidió que lo siguiera.

Ermitaño en Monte Paolo
En compañía de Graciano de Bagnacavallo y de otros hermanos franciscanos de Romaña, Antonio llegó a Monte Paolo, cerca de Forlí, en junio de 1221. Sus días transcurrían orando, meditando y ayudando a sus hermanos. Durante este periodo el Santo pudo madurar su vocación franciscana, profundizar la experiencia misionera interrumpida de forma brusca, dar vigor al compromiso ascético y perfeccionarse en la contemplación. Las tesis más acreditadas nos dicen que San Antonio se quedó en Monte Paolo hasta la celebración de Pentecostés (22 de mayo) o como mucho hasta septiembre del mismo año.
En un primer momento, dada la visión principalmente sagrada del ambiente en que se encontraba, los otros franciscanos trataron a Antonio con veneración. Al ver que uno de sus compañeros había transformado una gruta en una celda solitaria, le pidió con insistencia que se la cediera a él. El buen hermano accedió al apasionado deseo del joven portugués. Así todas las mañanas, una vez cumplidas las oraciones comunitarias, Antonio se dirigía con prisa a su gruta (todavía hoy conservada con devoción) para vivir solo con Dios, solo en penitencia e íntima oración, con prolongadas lecturas de la Biblia y reflexiones. Para las horas canónicas y para las comidas se reunía con sus hermanos. En su fuerte dedicación a la penitencia extenuó tanto su frágil salud con los ayunos, las vigilias, las flagelaciones, que más de una vez con el sonido de la campana que lo llamaba a las reuniones, se tambaleaba y estaba a punto de caer, por suerte sus hermanos lo sostenían. Antonio se dio cuenta de que sus hermanos de ideal conjugaban oración y servicio recíproco. Él, ¿qué contribución podía aportar? Habló con el guardián. Decidieron que debía limpiar la humilde vajilla de la cocina y barrer la casa.