San Antonio nació en Lisboa, en Portugal, en el año 1195. Una tradición barroca indica la fecha del 15 de agosto como probable. Era hijo de los nobles Martín de Bulhoes y María Taveira; su casa estaba a pocos metros de la catedral. En la pila bautismal de dicha catedral le fue puesto el nombre de Fernando. Los primeros años de formación los pasó bajo la culta guía de los canónigos de la Catedral. Entre sus compañeros de estudios había ya algunos chicos orientados hacia la elección del sacerdocio. Seguramente nació aquí la aspiración del joven Fernando de escoger el servicio sacerdotal. Pero fueron sobre todo la mediocridad moral, la superficialidad y la corrupción de la sociedad, las cosas que lo empujaron a entrar en el monasterio de São Vicente, fuera de las murallas de Lisboa, para vivir el ideal evangélico sin compromisos. Fue acogido por una comunidad de canónigos regulares de San Agustín.

Entre los agustinos
En São Vicente se quedó durante unos dos años. Después, molesto por las continuas visitas de los amigos, con los que ya no tenía nada en común, pidió que lo trasladaran a otro lugar, siempre dentro de la Orden agustiniana. Antonio afrontaba de esta forma su primer gran viaje, unos 230 kilómetros, los que separan Lisboa de Coimbra, en aquel entonces capital de Portugal. Fernando tenía 17 años. Llegaba a un ambiente donde tenía que convivir con una comunidad numerosa de unos 70 miembros durante 8 años, de 1212 a 1220. Fueron años importantísimos para la formación humana e intelectual del Santo, que podía confiar en sus buenos maestros y en una rica y actualizada biblioteca.
Fernando si dedicó completamente al estudio de las ciencias humanas y teológicas, también para alejarse de las tensiones que atravesaba la comunidad religiosa. Los años transcurridos en Santa Cruz de Coimbra dejaron una huella profunda en la fisonomía psicológica y en el perfil existencial del futuro apóstol. Ya por carácter se nos presenta como un hombre apartado, celoso de su secreto, cerrado en sus cosas de trabajo que le dejaban poco tiempo libre. Se convirtió, por libre elección, en un hombre sin ambiciones sociales; reacio a cualquier tipo de ostentación y exhibición de sí mismo y de sus dotes, desconfiado de las polémicas, indiferente a las exterioridades de cualquier tipo, a excepción de cuando lo tenía que hacer por deber del testimonio evangélico. De Coimbra salió hecho un hombre maduro. Su cultura teológica, nutrida por la Biblia y la tradición patrística, había llegado a un punto definitivo.
Fernando sacerdote En Santa Cruz Fernando fue ordenado sacerdote; la ordenación le fue conferida en la canónica de Santa Cruz de Coimbra, probablemente en 1220. Para el joven Fernando se desatendió la norma eclesiástica que fijaba en un mínimo de 30 años la edad para tener acceso al sacerdocio.