El Santo fue enterrado en Padua, en la pequeña iglesia de Santa María Mater Domini, su refugio espiritual en los periodos de intensa actividad apostólica, el martes 17 de junio de 1231. Al final de los sentidos funerales, el cuerpo del Santo fue depositado en la pequeña iglesia del convento franciscano de la ciudad; probablemente no fue enterrado, al contrario, pusieron sus restos un poco elevados, para que los devotos, cada vez más numerosos, pudieran ver y tocar el arca-tumba.
		La traslación más importante tuvo lugar el 8 de abril de 1263, cuando, acabada una fase decisiva de la construcción de la nueva iglesia, se trasladó el venerado cuerpo. San Buenaventura de Bagnoregio, entonces superior general de los franciscanos, presidió la ceremonia.
Al examinar los restos sagrados, antes de ponerlos en una nueva caja de madera, se dio cuenta de que la lengua del Santo estaba incorrupta. Al hacer este descubrimiento San Buenaventura exclamó: "Oh lengua bendita, que siempre bendijiste al Señor, e indujiste a los demás a bendecirlo; ahora vemos con claridad cuántos méritos adquiriste ante Dios". En aquella ocasión el arca con los restos mortales del Santo fue colocada seguramente en el centro del crucero, debajo de la actual cúpula cónica (del Ángel), delante del presbiterio.