En Francisco no se encuentra jamás una sola palabra de impugnación o de crítica o de reproche hacia los hombres de la Iglesia. ¡En ellos "ve al hijo de Dios" y basta! Quiere entre sus frailes este amor filial por la Iglesia.

También en este aspecto Antonio es "franciscano". Ama la Iglesia y se pone totalmente a su disposición. Para él, la Iglesia es la familia en la que los creyentes tienen la vida: "Quien quiere poseer a Dios y encontrar el camino seguro de la intimidad con Él debe quedarse en su familia, hacer vida de familia, porque en ésta las relaciones con el Padre celestial y con los hermanos tienen lugar en la fe y en el amor". Este amor por la Iglesia urge en el corazón del Santo y lo empuja a las fatigas de la evangelización.

Pero él vive este amor con su propio temperamento y si en Francisco éste se expresa como veneración filial y sometida hacia la jerarquía, en Antonio se convierte también en reproche fuerte y e impactante. El Santo no escatima palabras duras y cortantes a los hombres de la Iglesia que no representan dignamente a Jesucristo, ya sean estos simples sacerdotes y religiosos u obispos y cardenales: "Las estrellas de la Iglesia son todas ciegas, carecen de la luz de la vida y de la ciencia, perros mudos, incapaces de ladrar. Venden fantasmas porque predican por dinero… Arzobispos, obispos y prelados de la Iglesia van y vienen, compran y venden y revenden la verdad con mentiras y oprimen la justicia con simonía… La familia de los fieles se separa de la estabilidad de la fe y de la santidad de la vida a causa del ejemplo de los prelados malvados…".

Es el amor por la Iglesia, es el fervor por la salvación de los hermanos, los que ponen en boca de Antonio palabras de fuego, que arden e inciden en lo que vive, provocando a menudo la conversión y la contrición, y hacen de él un profeta franco y libre. El corazón de Antonio pulsa al unísono con el de Jesús y la amargura del Señor ante la dureza del corazón de los fariseos es su propia amargura:¡Ay de mi! Hoy se cae un asno y hay quien lo levante, perece un alma y no hay quien la ayude!".